Muzyka sakralna jest kierunkiem przeznaczonym dla tych kandydatów, którzy nie tylko mają uzdolnienia muzyczne, ale i interesują się specyficznym rodzajem muzyki, jaką jest twórczość kościelna. Kierunek ten powstał z inicjatywy Papieskiej Akademii Teologicznej i Akademii Muzycznej w Krakowie.
W trakcie studiów: Podstawowym przedmiotem na tym kierunku będzie gra na organach; oprócz niej studenci zgłębiać będą również wiedzę z zakresu: dyrygentury, akompaniamentu liturgicznego, historii muzyki, pedagogiki, chóru i scholi gregoriańskiej oraz emisji głosu.
Po studiach: Absolwent kierunku Muzyka sakralna będzie przygotowany do pracy w zawodzie nauczyciela, dyrygenta chóru lub organisty kościelnego.